咳嗽时腰两侧疼，通常主要是因长期、频繁咳嗽致使局部腰部肌肉反复牵拉所致，待咳嗽症状消除后疼痛现象一般可随之缓解。但若疼痛较为严重或持续不缓解，可能是腰部本身存在病变，咳嗽时因上半身运动而引发疼痛，比如腰肌劳损、腰部外伤、腰肌炎症、腰椎畸形等，需依据具体情况综合判断。
一、腰肌劳损：
1.长期从事重体力劳动会导致腰部关节周围韧带、筋膜等出现慢性损伤，进而引起局部疼痛。
2.长期的慢性损伤积累还可能引发腰椎间盘突出症，导致咳嗽时伴有腰部疼痛现象。
二、腰部外伤：
1.腰部遭受外力的碰、撞、扭、挤压等急性外伤，可使骨或软组织受伤，如椎体骨折、脊椎脱位、韧带断裂等，咳嗽时会出现腰部疼痛。
三、腰肌炎症：
1.主要包括细菌性炎症与非细菌性炎症，像腰肌纤维组织炎、横突周围炎等，通常会有咳嗽时腰痛的表现。
四、腰椎畸形：
1.部分腰椎存在先天性畸形，如隐性椎裂、腰椎骶化、胸椎腰化、椎管狭窄等，多数无明显症状，部分患者会伴有腰痛，也可能在咳嗽时被诱发或加重。
此外，一些内脏疾病，特别是靠近腰背部的脏器发病时，如肾脏、脾破裂等，常可直接或辐射到腰部产生疼痛，有时症状较轻，仅在咳嗽或用力深呼吸时出现疼痛。另外，也可能和腰椎肿瘤有关，随着肿瘤生长使骨质遭破坏，刺激骨膜或韧带上的感觉神经会引起腰部两侧疼痛，且可在咳嗽时被诱发。
总之，咳嗽时腰两侧疼可能是多种原因导致，需要仔细甄别，以便采取正确的应对措施。