血友病主要是由于遗传因素导致的。正常人体内有凝血因子，而血友病患者是因为体内缺乏凝血因子Ⅷ或凝血因子Ⅸ等凝血相关因子。其中，凝血因子Ⅷ缺乏引起的是甲型血友病，约占血友病患者的80% - 85%；凝血因子Ⅸ缺乏引起的是乙型血友病。
遗传因素的具体情况
性染色体遗传： 血友病是伴X染色体隐性遗传病。女性的性染色体是XX，男性是XY。如果女性携带血友病基因，其儿子有50%的概率遗传到致病基因而患病，女儿有50%的概率成为携带者；男性患者的女儿都会成为携带者，儿子则都正常。例如，一个女性携带者与正常男性生育后代，后代的遗传情况就符合上述概率。
基因缺陷导致凝血因子异常
基因变异引发缺陷： 人体内的凝血因子由特定基因编码，当这些基因发生突变或缺陷时，就会导致相应的凝血因子合成障碍或功能异常。比如，编码凝血因子Ⅷ的基因发生突变，就会使得凝血因子Ⅷ无法正常合成或功能异常，从而引发甲型血友病。而编码凝血因子Ⅸ的基因出现问题，就会造成凝血因子Ⅸ缺乏，引发乙型血友病。
遗传概率与家族史的关联
家族遗传概率体现： 如果家族中有血友病患者，那么家族其他成员携带致病基因的概率会增加。有家族血友病病史的家庭，在生育时，通过遗传咨询可以了解后代患病或携带致病基因的风险。比如，已知家族中有甲型血友病患者，那么家族中的女性成员需要关注自身是否为携带者，男性成员要注意后代的遗传情况。而且，这种遗传是相对稳定的遗传模式，会按照一定的概率在家族代际中传递。