血友病产生的原因主要是遗传因素。它是一种X染色体连锁的隐性遗传性疾病，男性发病，女性携带。约三分之二的患者是由于遗传因素导致，也就是母亲将携带血友病基因的X染色体遗传给儿子，从而使儿子发病。
遗传因素方面的具体情况
X染色体携带基因决定：女性有两条X染色体，男性是XY染色体。如果母亲是血友病基因携带者，其X染色体上携带致病基因，当她把带有致病基因的X染色体遗传给儿子时，儿子就会患上血友病；而遗传给女儿的话，女儿会成为携带者。据统计，约有三分之二的血友病患者是通过这种遗传方式获得致病基因的。
基因缺陷导致凝血因子缺乏
凝血因子Ⅷ或Ⅸ基因缺陷：血友病主要是因为体内缺乏凝血因子Ⅷ（导致血友病A）或凝血因子Ⅸ（导致血友病B）。正常情况下，这些凝血因子参与人体的凝血过程，当相关基因出现缺陷时，就会使得凝血因子合成异常或缺乏。例如，血友病A是由于凝血因子Ⅷ基因发生突变，导致凝血因子Ⅷ合成不足或功能异常，从而影响血液的正常凝固功能，使得患者受伤后出血不易止住。
先天性因素引发
胚胎发育过程中基因异常：在胚胎发育阶段，由于基因的突变或异常，导致凝血相关的因子合成出现问题。这种先天性的基因异常从胎儿时期就已经存在，使得个体一出生就带有患血友病的潜在风险。而且这种基因异常是与生俱来的，会伴随患者终生，影响其正常的凝血功能，在受到外伤等情况时，比正常人更容易出现出血不止的状况。