黄体功能不全可能与多种因素有关。一般来说，女性体内的内分泌失调是常见原因之一，比如垂体分泌的促黄体生成素、促卵泡生成素不足，或者子宫内膜对黄体分泌的激素反应不良等，都可能导致黄体功能不全，有研究显示约30%的黄体功能不全与内分泌调节异常相关。
内分泌因素导致
垂体功能异常： 垂体分泌的促黄体生成素（LH）和促卵泡生成素（FSH）对黄体的发育起着重要调控作用。如果垂体分泌的LH不足，就无法有效促进黄体的正常发育和功能维持；而FSH不足则会影响卵泡的正常发育，进而间接影响黄体功能。例如，某些垂体疾病可能会干扰这两种激素的正常分泌。卵巢因素： 卵巢自身的问题也可能引发黄体功能不全。比如卵巢发育不良，会导致排卵异常，从而影响黄体的形成；另外，卵巢存在某些病变，像多囊卵巢综合征等，也会干扰黄体的正常功能。
子宫内膜因素影响
子宫内膜受体异常： 即使黄体分泌了正常量的孕激素等激素，若子宫内膜上的孕激素受体出现异常，就会使子宫内膜不能很好地接受黄体分泌的激素信号，从而影响子宫内膜的正常转化，导致黄体功能相对不足。一般来说，这种受体异常可能与遗传等因素有一定关联。子宫内膜炎症： 子宫内膜发生炎症时，会改变子宫内膜的微环境，影响黄体分泌的激素发挥作用，进而干扰黄体功能。例如，有过宫腔操作史的女性，发生子宫内膜炎症的风险相对较高，就更容易出现黄体功能不全的情况。
其他潜在因素
高泌乳素血症： 体内泌乳素水平过高也可能影响黄体功能。过高的泌乳素会抑制下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，使得黄体生成素分泌减少，从而导致黄体功能不全。有研究发现，约10% - 15%的黄体功能不全患者存在高泌乳素血症的情况。生活方式影响： 长期的精神压力过大、过度劳累等不良生活方式也可能对黄体功能产生影响。长期处于高压力状态下，会影响内分泌系统的正常调节，进而干扰黄体的发育和功能。比如一些经常熬夜、工作强度大的女性，黄体功能不全的发生率可能相对偏高。