肝内囊肿形成的原因较多，其中先天性因素较为常见，约占肝囊肿成因的90%左右。先天性肝内囊肿是由于胚胎时期肝内胆管发育异常所导致，这些异常的胆管逐渐潴留胆汁，就形成了囊肿。
一、先天性发育异常
1. 单发性肝内囊肿： 多是胚胎发育中肝内胆管和淋巴管异常演变而来。在胚胎发育的早期，肝内胆管树的某些部分发育异常，导致局部胆管扩张，进而形成单个的囊肿。2. 多发性肝内囊肿： 往往与遗传因素有关，可能是常染色体显性遗传疾病的一种表现。这种遗传特性使得肝脏内出现多个胆管发育异常的情况，从而形成多个囊肿。
二、寄生虫感染
1. 肝包虫病： 是由细粒棘球绦虫的幼虫感染引起。人通过摄入含有棘球绦虫卵的食物，虫卵在肠道内孵化出幼虫，幼虫随血液循环到达肝脏，在肝脏内逐渐发育成包虫囊肿。在畜牧地区较为常见，比如我国西北牧区就有一定的发病几率。2. 其他寄生虫： 一些少见的寄生虫感染也可能导致肝内囊肿形成，不过相对肝包虫病来说较为罕见。
三、创伤因素
1. 外伤导致： 当肝脏受到外力撞击等创伤时，肝脏内的小胆管可能发生破裂，血液和组织液等积聚在破裂处周围，逐渐形成囊肿。这种情况多有明确的腹部外伤史，比如车祸、高处坠落等导致的肝脏外伤。2. 医源性创伤： 在一些肝脏手术或介入操作中，如果对肝脏组织造成了较小的损伤，也有可能在修复过程中形成囊肿。例如肝穿刺活检后，少数情况下可能会因局部组织的反应形成小的囊肿。
四、炎症因素
1. 胆管炎症： 肝脏内胆管发生炎症时，胆管的黏膜可能出现水肿、狭窄等情况，导致胆汁排出不畅，胆汁潴留形成囊肿。慢性的胆管炎症长期刺激，更容易引发这种情况。2. 周围组织炎症波及： 肝脏周围的组织发生炎症，如胆囊炎等，炎症蔓延波及到肝脏，也可能影响到肝内胆管，导致胆管的功能和结构异常，进而形成囊肿。