结肠炎的治疗药物需根据具体类型选择，一般来说，氨基水杨酸制剂是常用药物，如柳氮磺吡啶，适用于轻中度溃疡性结肠炎，约有70%左右的患者使用后症状能得到改善。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：分为口服制剂和灌肠剂等。口服美沙拉嗪可作用于肠道炎症部位，抑制炎症介质的产生。例如，轻中度溃疡性结肠炎患者服用后，能在一定程度上缓解腹痛、腹泻等症状。灌肠用的美沙拉嗪则更直接作用于直肠和乙状结肠部位的炎症。奥沙拉嗪：也是氨基水杨酸制剂的一种，适用于溃疡性结肠炎的治疗，通过分解为两分子5-氨基水杨酸发挥抗炎作用，对结肠黏膜炎症有改善效果。
糖皮质激素
泼尼松：对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可使用。它能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、免疫力下降等，一般使用时间不宜过长，通常在数周内根据病情调整用量。氢化可的松：可用于急性发作期的结肠炎患者，能通过静脉给药等方式迅速缓解严重的炎症症状，但同样需注意其可能引发的不良反应，像血糖升高、消化道溃疡等问题。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，起效相对较慢，一般需要数月才能看到明显效果。它通过抑制免疫系统的异常反应来控制肠道炎症，但可能会导致骨髓抑制等不良反应，用药期间需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤：作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，同样要注意可能出现的血液系统等方面的不良反应，用药过程中需密切关注身体状况。
生物制剂
英夫利西单抗：对于重度难治性结肠炎患者可能会用到，它是一种靶向肿瘤坏死因子的生物制剂，能特异性地结合肿瘤坏死因子，从而阻断炎症反应通路。不过使用生物制剂前需要进行严格的评估，因为可能会增加感染等风险，而且费用相对较高。