治疗结肠炎的药物需根据具体类型选择，一般来说氨基水杨酸制剂是常用的基础用药，如柳氮磺吡啶，约70%左右的轻中度结肠炎患者使用后能得到较好控制。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 可作用于肠道局部，抑制炎症反应。适用于轻中度的溃疡性结肠炎，能缓解腹痛、腹泻等症状。美沙拉嗪： 有多种剂型，包括肠溶片、缓释片等。美沙拉嗪在肠道局部发挥作用，对结肠炎症有较好的抗炎效果，副作用相对柳氮磺吡啶要小一些，也常用于轻中度结肠炎的治疗。
糖皮质激素
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可使用。泼尼松能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等，一般在病情得到控制后需逐渐减量。氢化可的松： 可用于急性发作期病情较重的结肠炎患者，常通过静脉给药的方式，能迅速缓解严重的炎症症状，但同样需注意长期使用的副作用。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的结肠炎患者。硫唑嘌呤需要一定时间发挥作用，一般用药3 - 6个月后可见效，用药期间需定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会出现骨髓抑制、肝损伤等不良反应。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，尤其适用于一些对硫唑嘌呤不耐受的患者，使用时同样要关注血常规和肝功能等指标的变化。
生物制剂
英夫利西单抗： 对于重度且对传统治疗药物无效的结肠炎患者可考虑使用。英夫利西单抗是一种靶向生物制剂，通过特异性结合肿瘤坏死因子 - α发挥作用，能快速起效，但价格相对较高，且可能会增加感染等风险，使用前需要进行严格的评估。