13岁女孩月经持续三个月不干净，可能与以下因素有关。
青春期功血：青春期女孩的下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，大脑中枢对雌激素的正反馈作用存在缺陷，是青春期功血的主要原因。此外，青春期女孩容易受外界环境、精神因素的影响，导致大脑皮层与生殖系统之间的联系尚未完善，进而引起月经紊乱。
其他全身性疾病：如果女孩患有血液病、甲状腺功能亢进或减退、肾上腺皮质功能异常等疾病，也可能导致月经失调。
生殖器炎症：女孩患有子宫内膜炎、盆腔炎等生殖器炎症时，炎症可能会刺激子宫，导致子宫收缩异常，进而引起月经淋漓不尽。
肿瘤：子宫肌瘤、子宫内膜息肉、子宫内膜癌等生殖器官肿瘤，也可能导致月经异常。
医源性因素：女孩服用某些药物，如避孕药、抗抑郁药等，或者宫内节育器放置不当，也可能引起月经不调。
对于13岁女孩月经持续三个月不干净的情况，家长应引起重视，及时带孩子就医，进行相关检查，如血常规、激素六项、B超等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意孩子的心理状况，给予孩子足够的关心和支持，帮助孩子顺利度过青春期。