13岁女孩月经三个月不干净，可能与以下因素有关。
青春期功血：青春期女孩的下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，大脑中枢对雌激素的正反馈作用存在缺陷，是青春期功血的主要原因。此外，青春期女孩容易受外界环境、精神因素影响，导致大脑皮层和中枢神经系统功能失调，从而引起月经紊乱。
子宫内膜息肉：是由子宫内膜局部过度增生所致，表现为突出于子宫腔内的单个或多个光滑肿物，蒂长短不一。子宫内膜息肉可引起月经间期出血、月经过多、经期延长或不规则阴道流血。
其他：如黏膜下子宫肌瘤、子宫内膜异位症等也可导致月经异常。
对于这种情况，家长应及时带孩子就医，进行相关检查，如超声检查、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。一般治疗方法包括药物治疗和手术治疗等。
在治疗过程中，家长应注意孩子的心理状态，给予其足够的关心和支持。同时，要让孩子保持良好的生活习惯，如规律作息、均衡饮食、适量运动等，有助于促进身体的恢复。