13岁月经长时间不干净需明确原因，包括生理性和病理性。生理性的可通过调整改善，病理性的则要遵医嘱治疗。
一、生理性因素：
1.青春期女孩各器官发育不成熟，激素水平不稳定。
2.受学习压力、营养失调、环境等影响，情绪波动大，这些都可能致使月经不规律。通常无需特殊处理，调整心态、生活方式等就能改善症状，比如保持良好作息、规律饮食、减轻压力、稳定情绪等。
二、病理性因素：
1.若为多囊卵巢综合征，需进行激素六项、腹部彩超、甲状腺激素等相关检查。
2.在专业医生指导下，可使用激素类药物治疗，如黄体酮、屈螺酮炔雌醇片等。
需要注意的是，若生理性因素经调整生活方式、心态后仍不能缓解症状，应及时就医明确病因，按照医生指导规范治疗。总之，对于13岁月经长时间不干净的情况，要准确判断原因，采取合适的处理方式。