肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染引发
肛腺位置特点： 肛腺位于直肠肛管周围，开口于肛窦。肛窦容易被粪便等污染，一旦肛窦感染，炎症就会蔓延至肛腺，进而引发肛腺感染。比如，当大便干结、腹泻等情况导致肛窦损伤，就为细菌入侵创造了条件，细菌感染肛腺后，炎症逐渐扩散，就可能形成肛周脓肿。细菌种类影响： 常见的引起肛腺感染的细菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。这些细菌在肛腺内繁殖，导致局部组织发生炎症反应，炎症进一步发展，组织坏死、液化，就形成了脓肿。
肛门局部损伤相关
外伤因素： 肛门部位受到外伤，如异物刺伤、肛门指检时操作不当等，都可能使细菌侵入肛门周围组织，从而引发感染形成脓肿。例如，异物刺伤肛门后，细菌随着异物进入肛门周围组织，若没有及时处理，就容易引发感染导致肛周脓肿。医源性损伤： 一些医疗操作也可能导致肛周脓肿，比如肠镜检查时，如果操作不规范，可能会损伤肛门周围组织，进而引起感染。还有肛瘘手术等，如果手术过程中处理不当，也可能引发肛周脓肿。
全身抵抗力下降导致
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体抵抗力相对较低，容易受到细菌感染。比如一些贫困地区，长期饮食单一，营养摄入不足的人群，患肛周脓肿的风险相对较高。因为身体抵抗力差，对细菌的抵御能力弱，一旦有细菌入侵肛门周围组织，就更容易发生感染形成脓肿。患有全身性疾病人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫功能受到影响，容易并发各种感染。糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高。因为高血糖环境有利于细菌生长繁殖，而且患者自身的抗感染能力下降，使得肛门周围组织感染后难以恢复，容易形成脓肿。此外，艾滋病患者等免疫功能低下的人群，也容易出现肛周脓肿，因为他们的免疫系统无法有效对抗细菌感染，肛门周围组织感染后很容易发展成脓肿。