肛周脓肿主要是由细菌感染引起的。肛门周围的毛囊、皮脂腺容易被粪便等污染，细菌侵入后引发感染，进而形成脓肿。比如，大约50%以上的肛周脓肿是由于肛腺感染导致的，肛腺开口在肛窦处，当肛窦被粪便等堵塞时，肛腺分泌的液体排出不畅，细菌就容易在肛腺内繁殖，然后向周围组织蔓延形成脓肿。
肛腺感染引发
肛窦感染蔓延： 肛窦形似口袋，容易积存粪便，一旦发生感染，炎症会向周围的肛腺扩散。肛腺是一种小的腺体，位于肛门直肠周围，感染从肛窦进入肛腺后，会沿着肛腺的导管向周围的间隙蔓延，从而引发肛周脓肿。例如，长期便秘的人，粪便容易擦伤肛窦，增加肛窦感染的几率，进而导致肛周脓肿。肛腺阻塞因素： 大便干结、腹泻等情况都可能导致肛窦阻塞，使肛腺分泌的液体无法正常排出，细菌在腺体内大量繁殖，最终引起感染形成脓肿。据统计，约有60%的肛周脓肿患者存在不同程度的肛窦阻塞情况。
肛周皮肤感染所致
皮肤破损感染： 肛门周围的皮肤如果有擦伤、肛裂等破损情况，细菌就容易侵入。比如，肛裂患者的肛管皮肤有裂口，细菌可通过裂口进入肛周皮下组织，引起感染形成脓肿。另外，搔抓肛门周围皮肤导致皮肤破损，也可能让细菌趁虚而入，引发感染。毛囊皮脂腺感染： 肛门周围的毛囊和皮脂腺丰富，当毛囊或皮脂腺被阻塞时，内部的细菌滋生就可能引发感染。比如，一些人不注意肛门周围的清洁，皮脂腺分泌的油脂和污垢堆积，容易导致毛囊堵塞，进而引发感染形成肛周脓肿。
全身性疾病诱发
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖水平较高，身体的抵抗力相对较低，容易受到细菌感染。高血糖环境有利于细菌的生长繁殖，所以糖尿病患者发生肛周脓肿的风险比正常人高。研究发现，糖尿病患者中肛周脓肿的发生率比非糖尿病患者高出2 - 3倍。免疫功能低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人等，他们的免疫系统功能受到影响，对细菌的抵御能力减弱，容易发生各种感染，包括肛周脓肿。这类人群一旦受到细菌侵袭，就更容易在肛周部位形成脓肿。