肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，大约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于直肠肛窦，若肛窦受粪便损伤引发感染，炎症就会蔓延至肛腺，进而导致肛腺化脓，脓液向肛周间隙扩散，便形成了肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，据统计，约有80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛窦时很容易划伤肛窦，为细菌入侵创造条件。肛腺阻塞： 肛腺分泌的黏液本是起到润滑肠道的作用，但如果肛窦发生炎症，导致肛腺导管水肿、阻塞，黏液排出不畅，就会使肛腺内的分泌物积聚，从而引发感染。
身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 患有糖尿病等基础疾病的人，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的风险比正常人高2~3倍。例如，糖尿病患者血糖长期高于10mmol/L时，白细胞的吞噬功能会受到影响，难以有效杀灭入侵的细菌。婴幼儿群体： 婴幼儿的免疫系统尚未发育完善，抵抗力较弱，肛窦相对较浅，细菌容易侵入，所以婴幼儿也是肛周脓肿的高发人群之一，约占肛周脓肿患者的10%左右。
局部卫生因素
不注意清洁： 肛门周围皮肤褶皱多，如果不注意局部清洁，粪便残渣容易残留，细菌就会大量繁殖，增加肛周感染的几率。比如有些婴幼儿家长没有及时给孩子清洗臀部，就容易引发肛周脓肿。肛周皮肤损伤： 搔抓肛周皮肤、使用刺激性强的清洁剂等导致肛周皮肤破损，细菌就会从破损处侵入，引发感染形成肛周脓肿。比如有些人肛门瘙痒时过度搔抓，就可能损伤皮肤，进而诱发肛周脓肿。