先天性耳前瘘管主要是先天性发育异常导致的。据研究，它是一种常染色体显性遗传病，遗传概率约为50%。
遗传因素导致
基因遗传作用： 先天性耳前瘘管与基因有关，若家族中有亲属患有该疾病，那么后代遗传到相关致病基因的概率会增加。比如父母一方携带相关致病基因，其子女有50%的几率遗传到该基因从而患上先天性耳前瘘管。
胚胎发育过程异常
胚胎时期鳃沟发育问题： 在胚胎发育的第6周时，第一、二鳃弓的鳃沟如果发育异常，就可能形成先天性耳前瘘管。正常胚胎发育中鳃沟会正常融合等，如果出现异常融合或残留，就会形成这种先天性的畸形结构。
个体发育差异
不同个体的敏感性： 即使胚胎发育过程大致正常，但不同个体对发育过程中的一些微小变化敏感性不同。有些个体可能因为自身发育的特殊敏感性，导致耳前瘘管相关的组织发育出现偏差，进而形成先天性耳前瘘管。而且这种差异目前虽难以精准预测，但确实存在个体间的不同表现。
其他可能相关因素
环境因素的微弱影响： 虽然环境因素对先天性耳前瘘管的直接影响相对较小，但在一些特殊情况下，比如孕妇在妊娠早期接触大量放射性物质、某些特殊化学物质等，可能会在一定程度上增加胎儿出现先天性耳前瘘管的风险，但这种情况相对比较少见，主要还是以遗传和胚胎发育自身异常为主因。