甲状腺功能减退的原因有多种。其中，自身免疫性疾病是常见原因之一，像桥本甲状腺炎就会破坏甲状腺组织，导致甲状腺激素分泌减少，据统计，自身免疫性甲状腺炎引发的甲减约占全部甲减病因的90%左右。
自身免疫因素
桥本甲状腺炎： 这是一种慢性自身免疫性疾病，身体的免疫系统错误地攻击甲状腺，使得甲状腺滤泡细胞受损，影响甲状腺激素的合成与释放。患者往往会出现甲状腺肿大等表现。Graves病治疗不当： 在Graves病的治疗过程中，如过量使用抗甲状腺药物，可能会导致甲状腺功能过度抑制，进而引发甲减。
甲状腺手术因素
甲状腺切除手术： 如果因甲状腺良性疾病（如甲状腺腺瘤等）或恶性肿瘤进行了甲状腺大部分或全部切除手术，术后甲状腺组织减少，甲状腺激素分泌不足，就容易引发甲减。一般来说，甲状腺切除范围越大，发生甲减的概率越高。放射性碘治疗后： 对于甲亢患者采用放射性碘治疗时，放射性碘会破坏甲状腺细胞，随着时间推移，甲状腺功能可能逐渐减退，通常在治疗后数月至数年可能出现甲减。
药物因素
含碘药物： 长期服用含碘量高的药物，如胺碘酮等，可能会影响甲状腺激素的代谢，干扰甲状腺的正常功能，导致甲状腺功能减退。抗甲状腺药物过量： 治疗甲亢时，若使用抗甲状腺药物剂量过大，会抑制甲状腺激素的合成，从而引发药物性甲减。
其他因素
先天性因素： 一些婴儿出生时就存在甲状腺发育异常，如甲状腺缺如或发育不全，导致甲状腺激素合成障碍，出生后不久就可能出现先天性甲减。下丘脑或垂体病变： 下丘脑或垂体发生病变时，会影响促甲状腺激素（TSH）的分泌，TSH减少会导致甲状腺激素分泌不足，引发继发性甲减。例如垂体肿瘤等病变可能影响TSH的正常分泌。