甲状腺功能减退主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其中，自身免疫损伤是常见原因之一，约占90%以上，像自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎等，就会破坏甲状腺组织，影响甲状腺激素的正常合成与分泌。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 比如桥本甲状腺炎，它是一种常见的自身免疫性疾病，患者体内会产生针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，这些抗体攻击甲状腺细胞，导致甲状腺细胞受损，进而影响甲状腺激素的合成和释放。据统计，在甲状腺功能减退患者中，因自身免疫性甲状腺炎引起的占比较大。
甲状腺破坏相关
放射性碘治疗后： 一些甲亢患者接受放射性碘治疗，放射性碘会破坏甲状腺组织，使甲状腺激素的分泌能力下降。一般在放射性碘治疗后的数月至数年，可能会逐渐出现甲状腺功能减退的情况。手术切除甲状腺： 因甲状腺癌等疾病进行甲状腺大部分或全部切除手术时，切除了部分或全部甲状腺组织，导致甲状腺激素分泌不足，从而引发甲状腺功能减退。如果切除甲状腺组织较多，发生甲状腺功能减退的概率会相应增加。
药物因素相关
抗甲状腺药物： 如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等抗甲状腺药物，如果使用剂量过大，可能会抑制甲状腺激素的合成，导致甲状腺功能减退。但在合理用药的情况下，这种情况相对较少发生，不过患者需要密切监测甲状腺功能。某些含碘药物： 长期服用含碘量高的药物，如胺碘酮等，可能会影响甲状腺激素的代谢，干扰甲状腺的正常功能，进而引发甲状腺功能减退。