甲状腺功能减退是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。引起甲状腺功能减退的原因有多种。
自身免疫因素
自身免疫性甲状腺炎： 这是最常见的引起甲状腺功能减退的原因之一。其中桥本甲状腺炎最为多见，约占所有甲状腺功能减退病因的90%左右。自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，影响甲状腺激素的合成和分泌。例如，体内产生了针对甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等自身抗体，持续破坏甲状腺，逐渐使甲状腺功能减退。
甲状腺手术因素
甲状腺切除手术： 如果因甲状腺良性疾病（如甲状腺腺瘤、结节性甲状腺肿等）或恶性疾病（如甲状腺癌）进行了甲状腺部分或全部切除手术，术后甲状腺组织减少，甲状腺激素的产生量就会不足，从而引发甲状腺功能减退。一般来说，甲状腺切除范围越大，发生甲状腺功能减退的概率越高。比如，甲状腺全部切除后，几乎100%会出现甲状腺功能减退，需要终身补充甲状腺激素进行替代治疗；而部分切除后，发生甲状腺功能减退的概率相对较低，但也需要根据术后甲状腺功能情况进行监测和处理。
放射性碘治疗因素
放射性碘-131治疗： 常用于治疗甲状腺功能亢进症。放射性碘-131被甲状腺摄取后，会释放出β射线，破坏甲状腺组织细胞，以达到减少甲状腺激素分泌的目的。但如果治疗剂量掌握不当或患者个体差异，可能会导致甲状腺组织破坏过多，进而引起甲状腺功能减退。通常在放射性碘-131治疗后数月至数年，逐渐出现甲状腺功能减退的情况，有的患者可能在治疗后1年内就会发生甲状腺功能减退，需要长期跟踪甲状腺功能并适时调整甲状腺激素替代治疗方案。