脸上长扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-3型等亚型。据统计，扁平疣好发于青少年等人群。
感染途径方面
直接接触感染： 比如与扁平疣患者的皮肤直接接触，就有可能被传染。要是自身皮肤有细微破损，就更容易让病毒入侵。像在学校、家庭等密切接触的环境中，如果有成员长了扁平疣，就可能通过日常接触把病毒传给其他人。间接接触感染： 通过接触被患者污染的物品，也能感染。比如共用毛巾、脸盆等个人物品，病毒可能会附着在这些物品上，健康人接触后就有可能被感染。
自身免疫力因素
免疫力低下时易发病： 当人体免疫力比较低的时候，就更容易患上扁平疣。比如长期熬夜、过度劳累的人，身体免疫力会下降，这时候感染HPV引发扁平疣的几率就会增加。还有一些患有慢性疾病的人，像患有糖尿病等，自身免疫力受影响，也容易长扁平疣。
皮肤屏障功能影响
皮肤屏障受损易感染： 皮肤的屏障功能要是受到破坏，就容易让HPV入侵长扁平疣。比如皮肤受到外伤、摩擦等，导致皮肤屏障受损，这时候HPV就有可乘之机，从而引发扁平疣。而且如果皮肤长期处于潮湿的环境，也会影响皮肤屏障功能，增加长扁平疣的风险。