脸上长扁平疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中以HPV-3型感染最为常见。一般来说，人体皮肤黏膜有微小破损时，HPV就容易侵入并感染上皮细胞，进而导致扁平疣的发生。
感染途径方面
直接接触感染： 比如与扁平疣患者直接接触，就有可能被传染。比如说和患者握手，若自身皮肤有细微破损，就增加了感染风险。间接接触感染： 通过接触被患者污染的物品也能感染，像共用毛巾、衣物等。如果健康人使用了扁平疣患者用过的毛巾，就存在感染HPV引发扁平疣的可能。
自身因素影响
免疫力低下： 当人体免疫力较低时，抵御HPV的能力减弱，就更容易感染长扁平疣。比如长期熬夜、过度劳累的人，免疫力会下降，相对更容易长扁平疣。皮肤屏障功能受损： 皮肤的屏障功能被破坏后，HPV更容易入侵。例如皮肤受到外伤、晒伤等情况，皮肤屏障受损，就为HPV感染创造了条件。
外部环境因素
公共场所接触： 在公共浴室、游泳池等公共场所，由于环境潮湿且人员密集，HPV传播的几率会增加。在公共浴室中，大家共用设施，就加大了感染HPV长扁平疣的可能性。接触污染物后未及时清洁： 接触了被HPV污染的物品后，如果没有及时清洁手部和皮肤，就可能将HPV带到脸部等部位引发扁平疣。比如在外面接触了公共扶手等物品后，没马上洗手洗脸，就容易感染。