脸上长出很多扁平疣，主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，尤其是HPV-3型等亚型病毒。通常有超过60%的扁平疣患者是因为直接或间接接触了携带病毒的人或物品而被感染。
病毒传播途径
直接接触传播： 比如和长有扁平疣的人握手、共用毛巾等，就有可能被传染。要是自己用手抓挠长了扁平疣的部位，再去碰身体其他地方，也容易把病毒带到别处，让别的部位也长出扁平疣。间接接触传播： 接触被HPV污染的物品，像公共浴室的拖鞋、毛巾等，也有感染的风险。
自身免疫力因素
免疫力低下人群易发病： 当人体免疫力比较低的时候，比如长期熬夜、过度劳累、患有某些慢性疾病等情况，身体对HPV的抵御能力就会下降，这时候就更容易感染HPV从而长出扁平疣。比如一些经常熬夜加班的人，相比作息规律的人，长扁平疣的几率可能会高一些。儿童和青少年相对易感： 儿童和青少年的免疫系统还在发育阶段，相对比较脆弱，所以他们感染HPV长扁平疣的概率比成年人相对要高一些。
皮肤破损的影响
皮肤破损提供入侵机会： 当皮肤有微小破损时，比如不小心擦伤、抓伤等，HPV就更容易通过这些破损处进入皮肤细胞，进而繁殖生长，导致扁平疣的形成。像小孩子玩耍时不小心擦伤了皮肤，如果接触到了HPV病毒，就比较容易长扁平疣。