白塞氏病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传、感染、免疫异常等多种因素有关。有研究显示，遗传因素在白塞氏病的发病中起到一定作用，比如某些人类白细胞抗原（HLA）基因与白塞氏病的易感性相关。
遗传因素方面：
基因关联： 研究发现，人类白细胞抗原-B51（HLA-B51）与白塞氏病的发病密切相关，在白塞氏病患者中，HLA-B51的阳性率明显高于正常人群。不过，并非携带HLA-B51基因就一定会发病，只是携带该基因的人患白塞氏病的风险相对较高。
感染因素方面：
病毒感染： 有研究认为病毒感染可能是诱发白塞氏病的因素之一。例如，单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等感染可能会触发人体的免疫反应，从而导致白塞氏病的发生。不过，目前还没有确凿的证据表明是哪种特定病毒直接导致了白塞氏病，但病毒感染引起免疫系统紊乱的机制被认为与白塞氏病的发病有关。细菌感染： 某些细菌感染也可能与白塞氏病的发病相关。比如，链球菌、结核杆菌等感染，可能通过分子模拟机制，使人体免疫系统错误地攻击自身组织，引发炎症反应，进而导致白塞氏病的出现。
免疫异常方面：
免疫系统紊乱： 白塞氏病患者存在明显的免疫异常。患者体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞功能出现异常，导致免疫球蛋白水平升高，自身抗体产生增多。例如，患者体内可能会出现抗口腔黏膜抗体等自身抗体，这些自身抗体参与了炎症反应的过程，导致血管炎等一系列病理改变，从而出现白塞氏病的各种症状，如口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部炎症等。细胞因子失衡： 白塞氏病患者体内的细胞因子也处于失衡状态。一些促炎细胞因子如肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）、白细胞介素 - 1（IL - 1）等水平升高，而抗炎细胞因子相对不足，这种细胞因子的失衡进一步加重了炎症反应，促进了白塞氏病病变的发展。