白塞氏病的具体病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。目前认为遗传因素可能起到一定作用，有研究显示白塞氏病患者中某些人类白细胞抗原（HLA）基因的携带频率较高，比如HLA-B51基因在白塞氏病患者中的阳性率明显高于正常人群。
遗传因素方面
基因关联： 白塞氏病具有一定的遗传易感性，特定的基因如HLA-B51等与白塞氏病的发病有密切关联。携带这些基因的人群相对来说患白塞氏病的风险可能会增加，但并不是说携带了相关基因就一定会发病，只是发病的概率比不携带的人群要高一些。
感染因素方面
病毒感染： 有研究推测病毒感染可能是诱发白塞氏病的因素之一。比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等感染可能会触发人体的免疫反应，进而导致白塞氏病的发生。不过目前还没有确凿的证据表明是哪种特定病毒直接导致了白塞氏病，但病毒感染引发免疫系统异常反应从而诱发疾病的可能性是存在的。细菌感染： 某些细菌感染也可能与白塞氏病的发病有关。例如链球菌、结核杆菌等感染，可能通过引发机体的免疫应答，使得免疫系统紊乱，最终导致白塞氏病的出现。不过这还需要更多的研究来进一步明确具体的感染途径和机制。
免疫因素方面
免疫系统异常： 白塞氏病患者存在免疫系统的异常激活。正常情况下，免疫系统能够识别和清除外来的病原体等，但在白塞氏病患者体内，免疫系统会出现紊乱，导致自身的免疫系统攻击自身的组织和器官，引起血管炎等一系列病理改变，从而出现口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部病变等白塞氏病的相关症状。例如患者体内会有多种自身抗体产生，炎症因子也会异常增多，这些都参与了白塞氏病的发病过程。