白塞氏病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传、感染、免疫异常等多种因素有关。有研究显示，白塞氏病具有一定的遗传易感性，某些特定基因的携带可能会增加发病风险。
遗传因素方面：
基因关联： 人类白细胞抗原（HLA）系统中的某些基因与白塞氏病的发病密切相关。例如，HLA-B51基因在白塞氏病患者中的阳性率明显高于正常人群，有研究发现，白塞氏病患者中HLA-B51阳性率可达到50%~90%左右，而在健康人群中该基因阳性率相对较低。家族聚集性： 如果家族中有白塞氏病患者，那么家族其他成员患白塞氏病的风险会高于普通人群。不过，并非携带相关基因就一定会发病，只是增加了患病的可能性。
感染因素方面：
病毒感染： 有研究认为病毒感染可能与白塞氏病的发生有关。比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒感染可能会触发人体的免疫反应，从而导致自身免疫性炎症的发生，进而引发白塞氏病。例如，有学者发现部分白塞氏病患者发病前有单纯疱疹病毒感染的病史。细菌感染： 某些细菌感染也可能与白塞氏病相关。像链球菌、结核杆菌等感染，可能通过分子模拟机制，使人体免疫系统错误地攻击自身组织，诱发白塞氏病。有研究发现，白塞氏病患者中结核杆菌感染的检出率可能高于正常人群。
免疫异常方面：
免疫系统失调： 白塞氏病患者存在免疫系统的异常激活。例如，患者体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞功能出现紊乱，导致炎症因子大量释放，如肿瘤坏死因子、白细胞介素等炎症因子水平升高，这些炎症因子会引起血管炎等一系列病理改变，从而出现口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部病变等白塞氏病的相关症状。自身抗体产生： 部分白塞氏病患者体内会产生自身抗体，这些自身抗体攻击自身的组织和器官，参与了白塞氏病的发病过程。比如有研究发现，部分患者体内存在抗内皮细胞抗体等自身抗体，这些抗体可损伤血管内皮细胞，导致血管炎症和损伤。