白塞氏病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、感染因素和免疫异常等有关。研究发现，白塞氏病具有一定的遗传易感性，某些特定基因的携带会增加患病风险，比如人类白细胞抗原（HLA）-B51基因与白塞氏病的发病密切相关，在有白塞氏病家族史的人群中，发病概率比无家族史人群高一些。
遗传因素方面：
基因关联： 前面提到的HLA - B51基因是重要的关联基因，携带该基因的人群相较于不携带的人群，患白塞氏病的可能性要高不少。有家族遗传倾向的人群需要更留意自身身体状况，一旦出现相关可疑症状要及时就医检查。
感染因素方面：
细菌感染： 某些细菌感染可能会引发白塞氏病。比如链球菌、结核杆菌等感染，当人体受到这些细菌感染后，免疫系统可能会出现异常反应，进而诱发白塞氏病。像有过链球菌性咽炎病史的人，相对来说患白塞氏病的风险可能会有所升高。病毒感染： 部分病毒感染也被认为与白塞氏病的发病有关。例如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等感染，可能会作为触发因素，导致免疫系统紊乱，从而引发白塞氏病。
免疫异常方面：
免疫系统失调： 白塞氏病患者的免疫系统处于异常活跃状态，自身抗体产生增多，免疫系统会错误地攻击自身组织器官。比如患者体内会出现一些异常的自身抗体，导致血管等组织受到损伤，出现口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部病变等一系列白塞氏病的典型症状。免疫系统的这种异常激活是导致白塞氏病各种临床表现的关键因素之一。