白塞病的具体病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、感染因素以及免疫异常等多种因素有关。有研究显示，白塞病具有一定的遗传易感性，某些特定基因的携带可能会增加患病风险。
遗传因素方面：
基因关联： 人类白细胞抗原（HLA）基因与白塞病的发病密切相关。例如，HLA-B51基因在白塞病患者中的阳性率明显高于正常人群。研究发现，携带HLA-B51基因的人群患白塞病的风险比不携带该基因的人群高数倍。家族聚集性： 白塞病存在一定的家族聚集现象。如果家族中有白塞病患者，那么其他家族成员患病的概率会比普通人群高。这表明遗传因素在白塞病的发病中起到了重要作用，但并非单一基因决定，而是多基因与环境等因素共同作用的结果。
感染因素方面：
病毒感染： 有研究认为病毒感染可能与白塞病的发生有关。比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等感染可能会触发人体的免疫反应，进而导致白塞病的发生。当人体感染这些病毒后，病毒作为外来抗原，会刺激免疫系统产生异常的免疫应答，攻击自身组织，引发白塞病相关的炎症反应。细菌感染： 某些细菌感染也可能与白塞病的发病相关。例如链球菌、结核杆菌等感染。有报道指出，部分白塞病患者在发病前有过结核杆菌感染的病史，结核杆菌可能作为一种病原体，通过分子模拟等机制，诱发人体免疫系统的异常，导致白塞病的发生。
免疫异常方面：
免疫系统失衡： 白塞病患者存在明显的免疫异常。患者体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞功能失调，导致免疫球蛋白水平升高，自身抗体产生增多。例如，患者体内可能会出现抗口腔黏膜抗体等自身抗体，这些自身抗体攻击自身的组织细胞，引起血管炎等一系列病理改变，从而出现白塞病的各种临床表现，如口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部炎症等。炎症反应过度： 白塞病患者体内存在过度的炎症反应。多种炎症因子如肿瘤坏死因子 - α、白细胞介素 - 1等大量释放，导致血管内皮细胞受损，血管通透性增加，引起组织的炎症、水肿和损伤，进而出现白塞病相关的多系统受累的表现，影响皮肤、关节、胃肠道等多个器官和系统。