肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染引发
肛腺位置特点： 肛腺位于肛管直肠周围，开口于肛窦，而肛窦容易被粪便等污染，一旦肛窦发生炎症，就会累及肛腺。比如，当粪便中的细菌等病原体进入肛窦后，容易引发肛窦炎，炎症进而蔓延至肛腺，导致肛腺感染。感染扩散： 肛腺感染后，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙蔓延。因为这些间隙内的组织疏松，感染容易扩散。例如，感染向上可蔓延至骨盆直肠间隙，向下可能扩散到肛周皮下间隙等，从而形成肛周脓肿。
身体免疫力低下因素
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，容易发生各种感染，包括肛周感染。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人要高。因为高血糖环境有利于细菌的生长繁殖，而且患者自身的抗感染能力下降，使得肛腺感染后更容易发展成肛周脓肿。长期使用免疫抑制剂人群： 像器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的免疫系统处于被抑制状态，对病原体的抵御能力减弱。这类人群一旦出现肛腺感染，就难以依靠自身免疫力来控制感染的发展，很容易形成肛周脓肿。
局部卫生不良相关
不注意清洁： 日常生活中，如果不注重肛门局部的清洁，粪便等污垢容易残留。这些污垢会滋生大量细菌，增加肛窦感染的风险。比如，有些人排便后不认真擦拭肛门，或者长时间不清洗肛门，就为细菌感染创造了条件。穿着不恰当： 长时间穿着紧身、不透气的内裤，会使肛门局部的温度升高、湿度增大，有利于细菌的繁殖。这种不良的局部环境容易引发肛腺感染，进而可能导致肛周脓肿的发生。例如，一些从事久坐工作的人，由于内裤不透气，就更容易出现肛周问题。