肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺感染导致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦受损伤，比如腹泻时粪便刺激肛窦，就容易引发肛腺感染，进而形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤情况：腹泻时粪便中的细菌等容易刺激肛窦，使肛窦发生炎症，进而影响到肛腺。长期腹泻的人，比如每天腹泻次数超过3次且持续较长时间，就更易出现肛窦损伤，增加肛周脓肿风险。肛腺自身特点：肛腺是一种管状腺体，一旦感染，炎症容易蔓延。肛腺感染后，炎症会沿着肛管直肠周围的间隙扩散，从而形成肛周脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群：糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，白细胞的杀菌作用受限，更容易受到细菌感染，包括肛腺部位的感染，进而引发肛周脓肿。据统计，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2~3倍。长期熬夜人群：长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响免疫系统的正常功能。比如长期每天熬夜超过2小时，连续熬夜1周以上，身体免疫力会明显下降，使身体抵御细菌感染的能力减弱，增加肛周脓肿发生几率。
局部卫生因素
不注意清洁人群：肛门局部卫生状况差，容易滋生细菌。比如长时间不清洗肛门，粪便残渣等容易残留在肛周，为细菌繁殖提供温床，增加肛腺感染的可能，进而引发肛周脓肿。内裤不透气人群：穿着紧身、不透气的内裤，会使肛周局部环境潮湿、闷热，有利于细菌生长繁殖。尤其是在夏季，这类人群肛周皮肤的湿度增加，更易发生肛周感染，导致肛周脓肿。