肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的。肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而引发感染，然后感染蔓延至肛腺，肛腺形成脓肿后向周围组织扩散，就容易导致肛周脓肿。据统计，约90%的肛周脓肿是因肛腺感染所致。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，比如长期便秘的人，大便干结粗硬，通过肛管时就容易擦伤肛窦，从而为细菌入侵创造条件。肛窦炎症： 当肛窦受到损伤后，细菌入侵引发炎症，如果炎症没有得到及时控制，就会向周围的肛腺蔓延，导致肛腺感染。
其他感染源引发
肛周皮肤感染： 肛周皮肤受到外伤，如摩擦、抓伤等，细菌侵入皮肤后可能引发感染，进而波及皮下组织导致肛周脓肿。例如，久坐导致肛周皮肤长时间受压、摩擦，皮肤破损后细菌感染就可能引发肛周脓肿。身体其他部位感染蔓延： 如患有糖尿病等基础疾病时，身体抵抗力下降，其他部位的感染病灶中的细菌可能通过血液循环转移到肛周，引起肛周脓肿。比如肺部感染，细菌随着血液流动到肛周，就可能引发局部感染形成脓肿。
自身因素影响
免疫力低下： 像患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等情况，人体免疫力降低，对细菌的抵御能力减弱，更容易受到细菌感染而引发肛周脓肿。例如，长期服用糖皮质激素的患者，其身体免疫功能受到抑制，发生肛周脓肿的风险相对较高。肛门直肠局部因素： 肛管直肠的畸形、狭窄等情况也会增加肛周脓肿的发生几率。比如先天性肛门直肠畸形的患儿，由于肛管直肠结构异常，容易出现肛窦感染等问题，进而引发肛周脓肿。