甲状腺瘤的具体病因目前尚未完全明确，但可能与以下因素有关。目前认为，遗传因素可能在甲状腺瘤的发生中起到一定作用，有研究发现部分甲状腺瘤患者存在相关基因的突变或遗传易感性，比如约有5% - 10%的甲状腺髓样癌患者存在RET原癌基因的突变，且这种突变可能会遗传给下一代。
碘摄入异常相关
碘摄入过多： 长期摄入过量的碘可能会增加甲状腺瘤的发生风险。比如一些地区的饮水、食物中碘含量过高，长期大量摄入后，甲状腺细胞的代谢等功能可能会受到影响，进而可能引发甲状腺瘤。碘摄入过少： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，长期碘摄入不足时，甲状腺会出现代偿性增生，也可能增加甲状腺瘤的发生几率。例如一些远离海洋且碘缺乏地区的人群，甲状腺瘤的发病率相对可能会高一些。
辐射暴露因素
儿童期颈部辐射暴露： 儿童时期如果颈部受到过X射线、γ射线等电离辐射照射，会显著增加甲状腺瘤的发病风险。比如在儿童期因头部或颈部疾病接受过放射治疗的人群，甲状腺组织受到辐射损伤后，细胞容易发生异常增殖，从而引发甲状腺瘤。职业性辐射接触： 一些长期在有辐射环境工作的人群，像放射科医护人员等，如果防护不当，长期接触辐射，也可能导致甲状腺细胞发生病变，增加甲状腺瘤的发生可能性。
内分泌紊乱影响
雌激素水平影响： 女性体内雌激素水平的变化可能与甲状腺瘤的发生有关。在青春期、妊娠期、哺乳期等特殊生理时期，女性体内雌激素水平波动较大，这期间甲状腺组织可能会受到雌激素的影响，导致甲状腺细胞的生长调节出现异常，进而增加甲状腺瘤的发病风险。比如有研究发现，女性甲状腺瘤的发病率相对男性稍高，可能与雌激素的影响有关。促甲状腺激素异常： 促甲状腺激素（TSH）对甲状腺细胞的生长和分化起着重要的调节作用。当TSH长期处于异常升高或降低状态时，甲状腺细胞的增殖和分化可能会受到干扰，从而增加甲状腺瘤的发生几率。例如，原发性甲状腺功能减退症患者，由于甲状腺激素分泌减少，反馈性引起TSH升高，长期的高TSH刺激可能会促使甲状腺细胞增生，增加甲状腺瘤的发生风险。