怀孕六周处于早孕期，胚胎还未成熟，此时有褐色分泌物流出可能是以下原因导致：
一、宫外孕：怀孕后若没进行彩色多普勒超声检查，出现褐色分泌物流出且伴有腹痛，就不能排除宫外孕。要到正规医院做血HCG及彩色多普勒超声检查来排除。
1.彩色多普勒超声检查：可查看孕囊位置等情况。
2.血HCG检查：帮助辅助判断。
二、先兆流产：会有褐色分泌物流出并可能伴有腹痛。需到正规医院进行彩色多普勒超声检查以明确孕囊形态、张力、结构和位置是否正常，还要抽血化验激素水平，由专业医生决定治疗方式。
1.彩色多普勒超声检查：确定孕囊相关情况。
2.激素水平化验：提供诊断依据。
三、胚胎停育：部分胚胎停育会出现褐色分泌物流出症状。应到正规医院做彩色多普勒超声检查，若不能确诊，需在5-7天后复查彩色多普勒超声和血HCG情况来判断。若确定胚胎停育，要在正规医院由专业医生指导进行药物流产或手术终止妊娠。
1.彩色多普勒超声检查：初步判断。
2.复查：进一步确认。
四、宫颈疾病：孕妇有宫颈糜烂或宫颈息肉可导致出血而流出类似褐色分泌物。要到正规医院进行宫颈相关检查。
总之，怀孕六周出现褐色分泌物的原因多样，需要及时到正规医院进行相关检查和诊断，以便采取正确的应对措施。