怀孕六周属于早孕期，此时胚胎尚未成熟，若有褐色分泌物流出，可能由以下原因导致：
一、宫外孕：
1.若怀孕后未进行彩色多普勒超声检查，有褐色分泌物流出且伴有腹痛症状，不能排除宫外孕的可能。
2.需要到正规医院进行血HCG及彩色多普勒超声检查来排除。
二、先兆流产：
1.发生先兆流产时会有褐色分泌物流出，可能伴有腹痛。
2.需到正规医院进行彩色多普勒超声检查，明确孕囊的形态、张力、结构及位置是否正常，并抽血化验激素水平，由专业医生决定治疗方式。
三、胚胎停育：
1.部分胚胎停育情况会出现褐色分泌物流出的症状。
2.应到正规医院进行彩色多普勒超声检查，若不能确诊，应在5-7天后复查彩色多普勒超声和血HCG情况以判断是否胚胎停育。
3.若发生胚胎停育，要在正规医院由专业医生指导进行药物流产或手术终止妊娠。
四、宫颈疾病：
1.孕妇若有宫颈糜烂或宫颈息肉，可导致出血而流出类似褐色的分泌物。
2.应到正规医院进行宫颈相关检查。
总结概况提示：怀孕六周有褐色分泌物的原因多样，包括宫外孕、先兆流产、胚胎停育和宫颈疾病等，需要通过相应检查进行准确判断，并采取合适的治疗措施。