怀孕六周处于早孕期，此时胚胎尚未成熟，若有褐色分泌物流出，可能是以下原因导致：
一、宫外孕：怀孕后若未进行彩色多普勒超声检查，出现褐色分泌物且伴有腹痛，则不能排除宫外孕。需到正规医院进行血HCG及彩色多普勒超声检查来排除。
1.宫外孕是指胚胎在子宫腔外着床发育，常见于输卵管。
2.当胚胎在宫外生长到一定程度，可能引起局部破裂出血，出现腹痛和褐色分泌物等症状。
二、先兆流产：会有褐色分泌物流出，可能伴有腹痛。
1.需到正规医院进行彩色多普勒超声检查，明确孕囊形态、张力、结构和位置是否正常。
2.同时进行抽血化验激素水平，在专业医生指导下决定治疗方式。
三、胚胎停育：部分胚胎停育会出现褐色分泌物流出症状。
1.应到正规医院进行彩色多普勒超声检查，若不能确诊，可在5-7天后复查彩色多普勒超声和血HCG情况来判断。
2.若确定胚胎停育，要在正规医院由专业医生指导进行药物流产或手术终止妊娠。
四、宫颈疾病：孕妇有宫颈糜烂或宫颈息肉可导致出血并流出类似褐色分泌物。
1.应到正规医院进行宫颈相关检查。
总之，怀孕六周出现褐色分泌物，需要及时就医，通过相关检查明确具体原因，并在医生的指导下采取相应的治疗措施。