治疗扁平疣可以使用的药膏有多种，其中维A酸类药膏较为常用，比如0.1%维A酸乳膏，它可以调节细胞分化，促进表皮更新，从而帮助去除扁平疣，但一般需要连续使用数周甚至数月才能见到明显效果。
维A酸类药膏
0.1%维A酸乳膏： 通过影响角质形成细胞的生长和分化，起到治疗扁平疣的作用。使用时要注意避免用于皮肤破损处，且可能会有局部刺激反应，如红斑、脱屑等。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与维A酸类似，对扁平疣也有一定疗效。使用时同样要注意避光，孕妇禁用。
抗病毒类药膏
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能发挥抗病毒作用，抑制病毒的复制。一般需要每天涂抹2-3次，连续使用数周，部分人使用后可能会出现轻度的瘙痒、灼痛等局部反应。咪喹莫特乳膏： 它能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和免疫调节作用来治疗扁平疣。通常每周使用3次，外用涂抹于疣体处，可能会引起局部红斑、脱屑等不良反应。
水杨酸类药膏
水杨酸软膏： 水杨酸具有角质剥脱作用，能够帮助去除扁平疣表面的角质层。使用时要注意避免接触正常皮肤，可能会导致局部皮肤干燥、脱皮等情况。一般每周使用1-2次，根据皮肤反应调整使用频率。复方水杨酸苯甲酸搽剂： 其中的水杨酸等成分也有一定的角质剥脱效果，对扁平疣有一定的治疗作用。使用时需注意不要大面积使用，避免接触眼睛等黏膜部位。