肺栓塞的治疗需根据病情严重程度等综合判断，一般来说，药物治疗是重要手段之一。溶栓治疗是肺栓塞重要的治疗方法，如使用尿激酶等溶栓药物，可在发病14天内使用以溶解血栓，但有出血等风险需评估。
药物治疗关键
抗凝药物： 普通肝素需监测凝血功能，低分子肝素相对更方便，不用频繁监测，像达肝素钠等低分子肝素是常用抗凝药，能防止血栓进一步形成和复发。新型口服抗凝药： 比如利伐沙班等，可口服，能有效抗凝，但也需在医生指导下使用，要注意药物相互作用等情况。
手术治疗情况
肺动脉血栓摘除术： 适用于病情非常严重、右心功能不全且有溶栓禁忌或溶栓失败的患者，不过手术风险较高，需要在具备相应条件的医院由经验丰富的医生操作。经皮导管介入治疗： 包括导管碎解和抽吸血栓、球囊血管成形术等，对于部分患者可考虑，但有一定适用范围和技术要求。
一般治疗方面
呼吸支持： 对于有呼吸困难等症状的患者，需给予吸氧，严重时可能需要机械通气等呼吸支持手段，保证患者氧供。循环支持： 若出现低血压等循环不稳定情况，要进行血流动力学监测，必要时使用血管活性药物维持血压等循环指标稳定。同时，要积极治疗基础疾病，比如患者若有房颤等易导致肺栓塞的基础病，也要进行相应处理。