肺栓塞治疗需根据具体情况选择合适方法，一般来说，抗凝治疗是肺栓塞治疗的重要基础措施，通常在确诊后尽快开始。比如，普通肝素需密切监测凝血指标，低分子肝素相对更方便，无需频繁监测，一般每日1-2次皮下注射。
抗凝治疗：
目的： 防止血栓进一步增大和新血栓形成，为机体自身纤溶机制溶解血栓创造条件。常用药物： 除了低分子肝素，还有华法林，不过华法林起效较慢，开始使用时通常需要与肝素重叠使用，并且需要定期监测国际标准化比值（INR），使其维持在2-3之间。
溶栓治疗：
适用情况： 对于大面积肺栓塞（有明显呼吸困难、胸痛、低氧血症等），在无禁忌证时可考虑溶栓治疗。一般在发病14天内使用溶栓药物，能尽快溶解血栓，恢复肺组织灌注。常用药物： 尿激酶、重组组织型纤溶酶原激活剂（rt-PA）等。但溶栓治疗有出血风险，需要严格评估患者的出血倾向等情况。
手术治疗：
肺动脉血栓摘除术： 适用于经积极的内科治疗无效的紧急情况，如病情严重、溶栓及抗凝治疗禁忌等。不过这种手术风险较高，需要患者符合严格的手术指征，并且由经验丰富的外科医生操作。导管碎栓和抽吸血栓： 这是一种介入治疗方法，通过导管将血栓破碎或抽吸出来，适用于一些特定类型的肺栓塞患者，尤其是那些不能进行溶栓治疗的患者。该方法相对创伤较小，但也有一定的操作要求和风险。
基础疾病治疗：
积极治疗原发病： 比如对于因长期卧床、骨折等导致肺栓塞的患者，要积极治疗原发疾病，改善患者的一般状况。如果是由心房颤动等心脏疾病引起的肺栓塞，需要控制心脏疾病，如使用药物控制心室率等。同时，患者需要卧床休息，避免剧烈活动，防止血栓脱落再次栓塞。