孩子矮小的原因有多种。其中，生长激素缺乏是常见原因之一，约有30%左右的矮小儿童是因生长激素分泌不足导致。
遗传因素导致
家族遗传倾向： 如果父母身高偏矮，孩子遗传到相关基因后，可能出现矮小情况。比如父母双方都是身高较矮的人群，孩子身高低于同年龄、同性别正常儿童平均身高的概率会相对较高。种族遗传差异： 不同种族的身高存在一定差异，这也和遗传有关，比如某些种族人群普遍身高相对较矮，孩子若属于该种族，可能受此遗传影响出现矮小。
内分泌疾病影响
甲状腺功能减退： 甲状腺激素对孩子的生长发育至关重要，当孩子甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响骨骼生长和身体代谢，导致生长缓慢，出现矮小症状。一般这类孩子除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓、表情淡漠等表现。性早熟： 孩子如果发生性早熟，会使骨骼过早闭合，生长周期缩短，从而影响最终身高。性早熟的孩子在早期可能身高增长较快，但后续身高增长受限，导致最终身高比正常儿童矮。
营养因素所致
营养摄入不足： 孩子长期饮食中蛋白质、热量、维生素及矿物质等营养物质摄入不够，会影响生长发育。例如，孩子长期挑食、偏食，不爱吃富含蛋白质的肉类、蛋类，以及富含维生素的蔬菜水果等，就可能因营养缺乏出现矮小。营养过剩： 有些孩子过度肥胖，体重超标，也可能影响身高增长。因为肥胖可能会干扰内分泌系统，导致生长激素分泌异常等情况，进而影响身高发育。
疾病与慢性消耗性因素
慢性疾病影响： 像先天性心脏病、慢性肾病、哮喘等慢性疾病，会影响孩子的身体状况和营养吸收、利用，从而阻碍生长。例如，患有慢性肾病的孩子，身体代谢紊乱，营养物质流失较多，会影响身高增长。长期服用某些药物： 某些药物如糖皮质激素等，如果孩子长期服用，也可能抑制生长激素的分泌，导致身材矮小。不过这种情况相对较少见，但也是需要关注的因素。