反流性食管炎主要是因为抗反流屏障结构与功能异常、食管清除作用降低以及食管黏膜防御屏障功能降低等原因引起。据统计，大约有40%的反流性食管炎患者存在下食管括约肌压力降低的情况。
抗反流屏障结构与功能异常
食管下括约肌压力降低： 食管下括约肌是食管末端约3 - 4cm长的环形肌束，正常情况下它处于收缩状态，能防止胃内容物反流。当食管下括约肌压力降低时，比如一些肥胖人群，过多的脂肪堆积可能会影响食管下括约肌的正常功能，导致其压力下降，就容易引发反流性食管炎。食管下括约肌相关结构异常： 如食管裂孔疝，这是指部分胃组织通过膈食管裂孔进入胸腔。食管裂孔疝会改变食管下括约肌的正常解剖结构，使抗反流的屏障功能受到破坏，从而增加反流性食管炎的发生风险。
食管清除作用降低
正常食管清除机制： 食管的清除作用主要依靠食管蠕动和唾液的冲洗来清除反流物。而当食管蠕动异常时，比如老年人食管蠕动功能可能会减退，就会影响对反流物的清除效率。唾液分泌减少： 一些疾病或者药物等因素可能导致唾液分泌减少，唾液对反流物的中和、稀释和清除作用减弱，使得反流物在食管内停留时间延长，增加了对食管黏膜的刺激和损伤，进而引发反流性食管炎。
食管黏膜防御屏障功能降低
食管黏膜屏障组成： 食管黏膜屏障由上皮前、上皮、上皮后三层组成，它们共同抵抗反流物的损伤。当这一屏障功能降低时，比如长期大量饮酒，酒精会损伤食管黏膜上皮，破坏食管黏膜的防御屏障；另外，一些药物，如非甾体类抗炎药，也可能对食管黏膜造成损伤，使食管黏膜对反流物的抵御能力下降，容易引发反流性食管炎。