结肠炎的治疗药物需根据具体类型来选，一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的，像柳氮磺吡啶，对于轻中度的溃疡性结肠炎有较好疗效，约60% - 70%的患者使用后能得到一定改善。
氨基水杨酸制剂类
5-氨基水杨酸制剂：这类药物能在肠道局部发挥作用，减轻炎症。比如美沙拉嗪，有口服剂型也有灌肠剂型。口服美沙拉嗪一般需要连续服用数周甚至数月，灌肠用的美沙拉嗪栓剂则直接作用于直肠和乙状结肠部位的炎症，通常每晚使用一次，坚持使用一段时间能缓解相应部位的结肠炎症状。
糖皮质激素
适用于中重度结肠炎：像泼尼松、氢化可的松等。泼尼松通常初始剂量较大，比如每天30 - 60毫克，根据病情逐渐调整剂量。但长期使用糖皮质激素可能会有副作用，像骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等，所以需要密切监测。例如长期使用泼尼松的患者，要定期检查骨密度，控制血糖水平，并且尽量缩短使用糖皮质激素的疗程。
免疫抑制剂
用于激素治疗无效或依赖的情况：硫唑嘌呤是常见的免疫抑制剂。一般需要连续服用3 - 6个月才能看到效果，初始剂量通常是每天1 - 2.5毫克/千克体重。使用过程中要定期检查血常规和肝功能，因为它可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应。比如使用硫唑嘌呤的患者，每1 - 2周要查一次血常规，每月查一次肝功能，以便及时发现异常并处理。