营养性缺铁性贫血若不及时治疗，会对身体多方面产生不良后果。例如，约20%-30%的缺铁性贫血患儿可能会出现生长发育迟缓的情况，影响身高和体重的正常增长。
对身体免疫功能的影响
抗感染能力下降： 缺铁会影响中性粒细胞的功能，使机体抗感染能力减弱，更容易患上呼吸道感染等疾病。比如，患有营养性缺铁性贫血的儿童相较于正常儿童，发生呼吸道感染的频率会明显增高。对淋巴细胞功能的影响： 缺铁还会干扰淋巴细胞的增殖和分化，影响体液免疫和细胞免疫功能，使得身体抵御疾病的能力进一步降低。
对消化系统的影响
消化功能紊乱： 患者可能出现食欲减退的情况，长期食欲不佳会影响营养物质的摄入，进而加重贫血状况。部分患儿还会出现异食癖，比如喜欢吃泥土、纸张等异常的东西。影响胃肠道黏膜： 缺铁会导致胃肠道黏膜上皮细胞发生变化，使消化酶的分泌减少，影响食物的消化和吸收，形成恶性循环，加重贫血及营养不良的程度。
对神经系统的影响
认知和行为发育受影响： 婴幼儿时期发生营养性缺铁性贫血，可能会对神经系统发育造成损害，影响智力发育和行为表现。有研究表明，缺铁性贫血的儿童在认知测试中的得分往往低于正常儿童，而且可能出现注意力不集中、情绪易激动等行为问题。影响神经递质代谢： 铁是合成神经递质的重要原料之一，缺铁会干扰神经递质的代谢过程，影响神经系统的正常功能，对儿童的学习和行为产生长期的不良影响。
对心脏功能的影响
心脏负担加重： 长期严重的营养性缺铁性贫血会使血红蛋白携氧能力下降，为了满足身体各器官的氧供需求，心脏会代偿性地加快搏动，长期如此会导致心脏扩大，增加心脏负担，甚至可能引发心功能不全。例如，严重缺铁性贫血的患儿在进行体力活动时，更容易出现心慌、气短等症状。影响心肌代谢： 缺铁还会影响心肌的正常代谢，使心肌细胞功能受损，进一步影响心脏的正常功能，对身体健康造成严重威胁。