肝内胆管结石的症状表现多样，部分患者可能长期无症状，而有些患者会出现腹痛等症状。约1/3的肝内胆管结石患者可能长期没有明显临床症状，往往在体检时才被发现。
腹痛表现
右上腹隐痛： 这是比较常见的情况，疼痛程度一般较轻，可能是间歇性发作，患者会感觉右上腹有隐隐的不适感，有时可能会被忽视，特别是在进食油腻食物后，这种隐痛可能会稍有加重。胆绞痛： 部分患者会出现胆绞痛，疼痛较为剧烈，多在进食油腻食物、劳累或情绪激动后发作，疼痛可向右肩部或背部放射，持续时间不等，有的可能持续几十分钟到数小时。
消化道症状
消化不良： 患者可能会有消化不良的表现，比如食欲减退，对油腻食物的消化能力下降，进食后感觉上腹部饱胀不适。恶心呕吐： 当结石刺激胆管，引起胆管痉挛等情况时，可能会出现恶心、呕吐的症状，呕吐物多为胃内容物，严重时可能会频繁呕吐。
黄疸表现
皮肤和巩膜黄染： 如果结石引起胆管梗阻，就可能出现黄疸，表现为皮肤发黄、巩膜发黄。轻度梗阻时，黄疸可能较轻，患者自己可能不太容易察觉，严重梗阻时，黄疸会比较明显，皮肤会呈现较深的黄色。而且可能还会伴有尿色加深，像浓茶色一样，粪便颜色变浅等情况。
发热表现
低热或中度发热： 当胆管发生炎症，合并感染时，患者可能会出现发热症状，一般是低热到中度发热，体温多在38℃左右，有的患者还可能伴有寒战，这是因为细菌感染引起了机体的炎症反应。