在拔完智齿后的第三天，疼痛加剧可能是由以下原因引起的：
1.正常术后反应：在拔牙后的前几天，可能会有轻微的疼痛和肿胀，但通常会在一周内逐渐减轻。然而，如果在第三天疼痛加剧，可能是正常的术后反应，尤其是在创口愈合过程中。
2.感染：拔牙后，如果口腔卫生不佳或创口受到感染，可能会导致疼痛加剧、红肿、发热等症状。
3.干槽症：干槽症是一种较为严重的并发症，通常在拔牙后的3-5天出现，表现为剧烈的疼痛，拔牙窝内空虚，有臭味。
4.其他原因：如创口内残留的碎骨片、邻牙或对颌牙的问题等也可能引起疼痛。
针对疼痛加剧的情况，可以采取以下措施：
1.保持口腔清洁：使用温和的盐水漱口，有助于减轻口腔内的细菌数量，缓解疼痛。
2.避免刺激性食物：避免食用辛辣、酸性、过热或过冷的食物，以免刺激创口。
3.服用止痛药：按照医生的建议服用止痛药，可以缓解疼痛。但请注意不要过量服用。
4.冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在脸颊上，每次15-20分钟，有助于减轻肿胀和疼痛。
5.及时就医：如果疼痛持续加剧、出现发热、肿胀明显或出现其他异常症状，应及时就医，以便进行进一步的检查和治疗。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，如果对疼痛加剧的情况感到担忧或不适，最好咨询医生的意见。医生会根据具体情况进行评估，并给出个性化的建议和治疗方案。此外，按照医生的建议进行术后护理，如避免剧烈运动、避免用拔牙侧咀嚼等，也有助于促进创口愈合和减轻疼痛。