早上起来一只眼睛肿了还有点疼，通常可能是由以下原因导致。
一、过敏：眼部皮肤相对较薄，一旦接触到过敏原，就容易产生反应，其主要表现为眼部红肿且伴有疼痛。比如接触了花粉、尘螨等过敏原，就可能引发眼部的过敏反应。
二、结膜炎：当受到细菌或病毒长时间侵害时，结膜的防御能力会下降，进而使患者出现眼睛肿、痒等症状。例如一些细菌或病毒的感染，会逐渐影响结膜的正常状态。
三、睑板腺囊肿：由于慢性炎症的刺激，造成睑板腺管道堵塞，分泌物不能顺利排出，再加上细菌感染，就会出现红肿、疼痛等情况。像是长期的炎症刺激未得到有效改善，就容易引发这种状况。
当出现上述这些症状时，建议尽快到医院进行细致检查，以便明确病因，并在医生的指导下进行相应处理，防止病情延误。
总结：早上起来单眼肿疼可能由过敏、结膜炎、睑板腺囊肿等引起，需要及时就医检查和处理。