功能失调性子宫出血主要是由内分泌失调引起的，比如下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能失调。据统计，约70%的功能失调性子宫出血患者存在内分泌紊乱的情况。
一、神经内分泌调节紊乱
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴功能失调： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲式分泌异常，会影响垂体促性腺激素的分泌，进而干扰卵巢的排卵功能和激素分泌。比如青春期女性，下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴尚未完全成熟，容易出现无排卵性的功能失调性子宫出血，这种情况在初潮后的1 - 2年内较为常见。而围绝经期女性，卵巢功能逐渐衰退，也会因为激素分泌紊乱引发功能失调性子宫出血。
二、子宫内膜局部异常
子宫内膜前列腺素含量异常： 子宫内膜中前列腺素（PG）合成与代谢异常，会导致子宫血管痉挛收缩，从而引起出血增多或出血时间延长。例如，子宫内膜合成的PGF₂α增多时，会使子宫肌层收缩过强，影响子宫螺旋小动脉的血供，导致内膜缺血坏死，引发出血问题。子宫内膜修复机制异常： 正常情况下，子宫内膜脱落后能迅速修复止血，但如果子宫内膜修复过程出现异常，就会导致出血不止。比如子宫内膜中的纤溶系统活性增强，会使已凝固的血栓溶解，影响内膜的修复，导致功能失调性子宫出血持续存在。
三、全身性因素
全身性疾病影响： 一些全身性疾病也可能导致功能失调性子宫出血，像甲状腺功能亢进或减退，甲状腺激素水平的异常会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，进而引起月经紊乱。再比如血液系统疾病，如血小板减少性紫癜、白血病等，会影响凝血功能，导致子宫出血不易止住，出现功能失调性子宫出血的表现。药物影响： 某些药物也可能诱发功能失调性子宫出血，比如长期服用避孕药，会干扰体内正常的激素平衡，导致内分泌失调，引发子宫出血异常。