扁桃体肥大通常是由多种因素引起的。其中最常见的原因是反复的炎症刺激，比如儿童时期患上反复的扁桃体炎，就容易导致扁桃体反复充血、水肿，进而逐渐肥大。据统计，儿童时期扁桃体炎反复发作是引发扁桃体肥大的重要因素之一。
感染因素：
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌感染，这种细菌感染后会引发扁桃体的炎症反应，长期反复的感染就可能导致扁桃体肥大。比如在学校等集体环境中，儿童容易相互传播这种细菌，从而增加扁桃体肥大的风险。病毒感染： 像EB病毒、腺病毒等感染也会引起扁桃体发炎，进而可能导致扁桃体肥大。例如腺病毒感染引起的咽结合膜热，就常伴有扁桃体的肿大。
免疫因素：
人体的免疫系统在对抗病原体时，扁桃体作为免疫器官会参与免疫反应。但如果免疫反应过于强烈，可能会导致扁桃体组织增生，进而出现肥大。比如自身免疫性疾病影响到扁桃体时，就可能引发扁桃体的异常增生肥大。
年龄因素：
儿童时期是扁桃体肥大的高发年龄段。因为儿童的免疫系统还在发育阶段，扁桃体相对比较活跃，而且儿童容易患上呼吸道感染，频繁的炎症刺激使得儿童扁桃体肥大的概率较高。一般3 - 10岁的儿童扁桃体肥大的情况相对多见，而随着年龄增长，扁桃体可能会逐渐萎缩。