扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起的。比如，急性扁桃体炎如果反复发作，就容易导致扁桃体增生、肥大，儿童时期机体免疫力相对较低，更容易受到病菌侵袭，所以儿童患扁桃体肥大的情况相对较多。据统计，儿童期扁桃体肥大较为常见。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，它反复感染扁桃体，会刺激扁桃体组织增生，引发肥大。比如，在学校等集体环境中，儿童容易通过飞沫等途径感染这类细菌。病毒感染： 像EB病毒、流感病毒等感染也可能导致扁桃体肥大。例如，流感流行季节，很多儿童会感染流感病毒，进而引发扁桃体炎症，长期不愈就可能导致扁桃体肥大。
自身免疫因素影响
人体的免疫系统如果出现异常，也可能波及扁桃体。当免疫系统错误地将扁桃体组织当作外来异物进行攻击时，会促使扁桃体组织增生，从而导致肥大。不过这种情况相对细菌、病毒感染导致的比例要低一些，但也是引发扁桃体肥大的一个因素。
年龄因素相关
儿童时期： 儿童的扁桃体处于活跃的免疫状态，容易受到各种病原体的侵袭，而且儿童的咽扁桃体比较发达，在6个月以后逐渐增大，到3 - 5岁时达最高峰，所以这个阶段儿童扁桃体肥大的发生率相对较高。随着年龄增长，到青春期后扁桃体可逐渐萎缩。成人时期： 成人扁桃体肥大相对儿童较少见，但如果有反复的上呼吸道感染等情况，也可能出现扁桃体肥大。比如一些长期吸烟、抵抗力较差的成人，也可能因为反复的炎症刺激导致扁桃体肥大。