扁桃体肥大主要由反复的炎症刺激引起。比如儿童时期，机体免疫力相对较低，容易受到细菌、病毒的侵袭，像A组乙型溶血性链球菌感染，就很容易引发扁桃体炎，若反复发炎，就可能导致扁桃体肥大，据统计，儿童扁桃体炎反复发作的概率相对较高，其中部分就会发展为扁桃体肥大。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，它会反复侵袭扁桃体，引发炎症反应，使得扁桃体组织充血、水肿，长期如此就容易导致扁桃体肥大。病毒感染： 像EB病毒、鼻病毒等病毒感染也可引起扁桃体炎症，进而可能促使扁桃体肥大，例如EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症，常常会伴随扁桃体肿大的表现。
免疫因素相关
自身免疫反应： 人体的免疫系统在对抗病原体时，有时会出现异常，免疫系统错误地攻击扁桃体组织，导致扁桃体反复发炎，逐渐肥大。比如一些自身免疫性疾病患者，扁桃体可能会因为异常的免疫反应而发生肥大情况。
其他因素影响
年龄阶段： 儿童时期是扁桃体肥大的高发阶段，因为儿童的扁桃体处于活跃的免疫状态，更容易受到感染等因素影响而肥大。一般来说，儿童3 - 10岁时扁桃体体积较大，14 - 15岁后逐渐萎缩。邻近器官炎症蔓延： 当鼻窦、鼻咽部等邻近器官发生炎症时，炎症可能会蔓延至扁桃体，引起扁桃体发炎肿大，例如鼻窦炎时，炎性分泌物刺激扁桃体，可导致扁桃体肥大。