扁桃体肥大的原因主要有以下几方面。首先，感染因素是常见原因之一，其中最主要的是反复的链球菌感染。比如，儿童时期如果经常发生链球菌性咽炎，就容易引发扁桃体反复发炎，进而导致扁桃体肥大，有研究发现，儿童期链球菌性咽炎反复发作的情况下，约有30%会出现扁桃体肥大的情况。另外，病毒感染也可能导致扁桃体肥大，像EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症，也常常会伴随扁桃体肿大。
自身免疫因素
当人体的免疫系统出现异常时，也可能导致扁桃体肥大。例如，自身免疫性疾病可能会误将扁桃体组织当作外来异物进行攻击，从而引起扁桃体的病理性增生肥大。不过，自身免疫因素导致的扁桃体肥大相对感染因素来说占比相对较小，但也是不容忽视的一个方面。
年龄因素
在儿童时期，扁桃体通常是比较活跃的免疫器官，所以儿童时期更容易出现扁桃体肥大的情况。一般来说，儿童在4-10岁时扁桃体处于发育高峰期，这个阶段如果受到感染等因素影响，就更容易发生扁桃体肥大。而随着年龄的增长，到了成年后，扁桃体逐渐萎缩，扁桃体肥大的发生率会相对降低。但也有部分成年人因为既往反复的扁桃体炎症等情况，仍然存在扁桃体肥大的现象。
过敏因素
过敏反应也可能引发扁桃体肥大。当人体接触到过敏原后，比如花粉、尘螨等，会引起扁桃体局部的过敏反应，导致扁桃体组织充血、水肿，长期反复的过敏反应就可能导致扁桃体肥大。例如，有过敏性鼻炎的患者，同时可能伴随扁桃体肥大的情况，这是因为鼻腔和咽部是相通的，过敏反应会累及到扁桃体部位。