扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起。比如，儿童时期咽部感染和反复炎症刺激是导致扁桃体肥大的常见原因，像乙型溶血性链球菌、葡萄球菌等病原体感染咽部，可使得扁桃体反复发炎，进而引发肥大，这种情况在儿童群体中较为多见，据统计，儿童期扁桃体炎反复发作很容易导致扁桃体肥大。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的是乙型溶血性链球菌感染，这种细菌会反复侵袭扁桃体，引发炎症反应，使得扁桃体组织增生、肥大。另外，葡萄球菌感染也可能导致扁桃体反复发炎，进而出现肥大情况。病毒感染： 例如腺病毒感染，儿童感染腺病毒后，咽部会受到影响，引发扁桃体炎症，长期的炎症刺激会使扁桃体逐渐肥大。还有EB病毒感染，也可能导致扁桃体出现炎症性的肥大表现。
自身免疫因素相关
当人体自身免疫系统出现异常时，也可能导致扁桃体肥大。比如，身体的免疫反应错误地将扁桃体组织当作外来入侵物质进行攻击，持续的免疫反应会刺激扁桃体组织增生，从而出现肥大现象。不过这种情况相对细菌、病毒感染导致的扁桃体肥大发生率要低一些，但也是导致扁桃体肥大的一个因素。
其他因素影响
年龄因素： 儿童时期扁桃体是免疫器官，相对较活跃，更容易受到感染等因素影响而肥大，随着年龄增长，部分儿童的扁桃体可能会逐渐萎缩，但也有部分儿童会持续肥大。而成人如果咽部反复受到刺激，也可能出现扁桃体肥大，但相对儿童来说几率稍低。邻近器官炎症蔓延： 比如鼻腔、鼻窦的炎症，像鼻窦炎，炎症产生的分泌物可能会蔓延至咽部，长期刺激扁桃体，导致扁桃体发炎、肥大。还有咽部邻近组织的炎症，如咽炎等，也可能波及扁桃体，引发扁桃体肥大。