白塞氏病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、感染因素和免疫异常等有关。有研究显示，白塞氏病具有一定的遗传易感性，携带某些人类白细胞抗原（HLA）基因的人群患病风险相对较高。
遗传因素相关
基因关联：人类白细胞抗原（HLA）与白塞氏病的发病密切相关。例如，HLA-B51基因在白塞氏病患者中的阳性率明显高于健康人群，有研究发现，白塞氏病患者中HLA-B51阳性率可达到50%~90%左右，而在正常人群中该基因阳性率较低。家族聚集性：白塞氏病存在一定的家族聚集现象，如果家族中有白塞氏病患者，其他家庭成员患病的风险会比普通人群高。但这并不是说家族中有患者就一定会发病，只是相对风险增加。
感染因素影响
病毒感染：某些病毒可能与白塞氏病的发病有关。比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等。有研究认为，病毒感染可能会触发人体的免疫反应，导致自身免疫机制紊乱，进而引发白塞氏病。例如，单纯疱疹病毒感染后，可能会改变人体细胞的抗原性，使得免疫系统错误地攻击自身组织，参与到白塞氏病的病理过程中。细菌感染：链球菌、结核杆菌等细菌感染也被认为可能与白塞氏病相关。有学者发现，部分白塞氏病患者在发病前有过链球菌感染史，结核杆菌感染也可能通过免疫交叉反应等机制诱发白塞氏病。比如，结核杆菌感染后，其某些抗原成分可能与人体自身组织抗原相似，人体免疫系统在攻击结核杆菌时，也会对自身组织造成损伤，引发类似白塞氏病的炎症反应。
免疫异常作用
免疫系统紊乱：白塞氏病患者存在明显的免疫异常。例如，患者体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞功能失调，导致免疫球蛋白升高，自身抗体产生增多。其中，抗口腔黏膜抗体等自身抗体的出现，会攻击口腔等部位的组织，引发口腔溃疡等白塞氏病的常见症状。同时，细胞因子网络失衡，如干扰素 - γ、白细胞介素 - 2等细胞因子的水平异常，进一步加剧了炎症反应，促使白塞氏病的病变发展，影响血管、关节、眼部等多个系统和器官。