扁桃体肥大主要是由反复的炎症刺激引起的。比如，急性扁桃体炎如果反复发作，就容易导致扁桃体增生、肥大，据统计，儿童期患反复扁桃体炎的比例较高，这类情况就比较容易引发扁桃体肥大。
感染因素导致
反复的细菌感染： 像A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体炎常见的致病菌，当人体免疫力下降时，这种细菌就容易侵入扁桃体，引发炎症反应，长期反复的炎症刺激会使扁桃体组织增生，进而导致肥大。比如，在学校等集体环境中，儿童之间容易相互传染这类细菌，从而增加扁桃体肥大的风险。病毒感染： 例如EB病毒、腺病毒等感染也可能引起扁桃体炎，初始感染后如果没有彻底治愈，炎症持续存在，也会刺激扁桃体组织增生肥大。而且病毒感染引起的扁桃体炎有时症状可能相对不那么典型，但同样会对扁桃体造成影响。
过敏因素相关
变应性因素： 过敏体质的人接触过敏原后，比如花粉、尘螨等，会引起扁桃体的变态反应性炎症。这种炎症反应会导致扁桃体组织水肿、增生，长期的过敏状态就可能使扁桃体逐渐肥大。比如，在花粉季节，过敏体质的儿童如果接触较多花粉，就可能出现扁桃体肥大相关的症状。食物过敏： 某些人对特定食物过敏，进食后也可能引发扁桃体的过敏反应，导致扁桃体充血、肿胀，反复的过敏反应刺激会使扁桃体组织增生肥大。例如，对牛奶、鸡蛋等食物过敏的儿童，可能会因为反复的食物过敏而出现扁桃体肥大的情况。
其他因素影响
自身免疫因素： 人体自身免疫功能紊乱时，免疫系统可能错误地攻击扁桃体组织，引发炎症反应，长期的免疫炎症过程会导致扁桃体肥大。不过这种情况相对较为少见，但也是导致扁桃体肥大的一个潜在因素。解剖结构因素： 有些人天生扁桃体就相对较大，这可能与个体的解剖结构差异有关。如果没有明显的炎症等刺激，但扁桃体本身体积较大，也可能被认为是扁桃体肥大的一种情况。不过这种情况相对较少，大多数扁桃体肥大还是由炎症等因素引起的。